Дзеля выканання сваёй місіі і дасягнення сваіх мэтаў ВБЎ супрацоўнічае з польскімі, еўрапейскімі і міжнароднымі партнёрамі, зацікаўленымі ў развіцці вольнай беларускай адукацыі.

Вольны Беларускі Універсітэт фінансуецца Міністэрствам адукацыі і навукі Польшчы (MNiSW) у рамках праекту «Вольны Беларускі Універсітэт». Вядучым партнёрам у ім з'яўляецца Уроцлаўскі Універсітэт (Uniwersytet Wrocławski). Акадэмічнымі партнёрамі WBU на пачатковым этапе сталі Варшаўскі ўніверсітэт, Лодзінскі ўніверсітэт, Універсітэт кардынала Стэфана Вышыньскага ў Варшаве і Каледж Еўропы ў Натоліне.

На падрыхтоўчым этапе ВБУ быў падтрыманы Еўрапейскім фондам падтрымкі дэмакратыі (EED), Фондам Конрада Адэнаўэра, Польска-амерыканскім фондам свабоды, Брытанскай амбасадай у Мінску, Міністэрствам навукі і вышэйшай адукацыі Польшчы, Міністэрствам замежных справаў Польшчы, Міністэрствам замежных справаў Эстоніі, Камітэтам па культуры і адукацыі Еўрапейскага парламенту, Дэлегацыяй Еўрапарламенту па справах Беларусі.

Дзякуючы падтрымцы і фінансавай дапамозе партнёраў, на першым этапе навучанне на курсах ВБЎ бясплатнае. У перспектыве, частка курсаў будзе прадстаўляцца на платнай аснове для забеспячэння частковага самафінансавання і ўстойлівасці праекту ВБЎ.